Faculté de médecine
Maîtrise en bio-informatique
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Cycles supérieurs 2-468-1-0
Liste des cours
Titre officiel | Maîtrise en bio-informatique (M. Sc.) |
---|---|
Type | Maîtrise ès sciences (M. Sc.) |
Numéro | 2-468-1-0 |
Version 04 (A19)
La maîtrise comporte 45 crédits. Elle est offerte selon deux cheminements :
- Cheminement avec mémoire (segment 70),
- Cheminement avec stage (segment 71).
Segment 70 Propre au cheminement avec Mémoire
Les crédits du cheminement sont répartis de la façon suivante : 33 crédits obligatoires dont 30 crédits attribués à la recherche et à la rédaction d'un mémoire, de 8 à 12 crédits à option, dont au minimum deux cours de sigle BIN, et de 0 à 4 crédits de cours au choix.
Bloc 70A
Obligatoire - 3 crédits.BIE 6046 Introduction : éthique de la recherche
Les développements biomédicaux et l'éthique de la recherche; les grands textes régulateurs; l'analyse d'une problématique éthique; l'évaluation éthique d'un protocole de recherche.
BIN 60051 Communication scientifique 1.1
Présentation orale et écrite par l'étudiant de son projet de recherche ou de stage : la littérature scientifique pertinente, la problématique et les méthodes envisagées. Participation aux séminaires des autres étudiants.
BIN 60052 Communication scientifique 1.2
Présentation orale et écrite par l'étudiant de son projet de recherche ou de stage : la littérature scientifique pertinente, la problématique et les méthodes envisagées. Participation aux séminaires des autres étudiants.
Bloc 70B Bio-informatique génomique
Option - Maximum 12 crédits.BCM 6210 Génomique humaine fonctionnelle
Étude du fonctionnement du génome humain. Structure du génome et méthodes d'analyse fonctionnelle, grandes bases de données et outils bioinformatiques. Génomique comparative avec d'autres organismes séquencés. Protéomique et métabolomique.
BIN 6000 Algorithmes en bio-informatique génomique
Comparaison et alignement des séquences biologiques. Structures secondaires des acides ribonucléiques. Recherche de motifs. Assemblage de fragments d'ADN, cartographie physique. Ordre des gènes.
BIN 6002 Principes d'analyse génomique
Identification (gènes protéiques et d'ARNs structuraux introns) par comparaison de séquences et recherche de motifs. Alignements multiples et code génétique. Assemblage et annotation de séquence génomique.
IFT 6299 Sujets en bio-informatique
PGM 6078 Pharmacogénomique
Présenter les différentes approches utilisées dans le diagnostic et le traitement de maladies basé sur l'information génomique, avec comme objectif de développer une pharmacothérapie personnalisée optimale.
Bloc 70C Bio-informatique évolutive
Option - Maximum 6 crédits.BIO 6245 Analyse phylogénétique
Théorie et pratique de la systématique : reconstruction, validation et utilisation de phylogénies en biographie, écologie, conservation, et classification. Cours théoriques et travaux pratiques sur ordinateurs.
MSO 6018 Introduction à l'épidémiologie génétique
Introduction à l'épidémiologie génétique et aux méthodes analytiques s'y reliant, appuyée d'exemples relevés de la littérature scientifique et de travaux pratiques portant sur analyses de liaison et d'association génétique.
Bloc 70D Bio-informatique stat. et apprentissage machine
Option - Maximum 9 crédits.BIO 6077 Analyse quantitative des données
Apprentissage de méthodes d'analyse quantitative de données biologiques, y compris les données spatiales et temporelles. Travaux pratiques; analyse des données de recherche des étudiants. Remarques: Connaissances requises : biostatistique.
IFT 6132 Prédiction structurée avancée et optimisation
Sujets avancées pour la prédiction d'objets structurés (tels: graphes, couplages, réseau de flot). Apprentissage génératif vs discriminatif et modèles à énergie; CRF, SVM structurée, optimisation à grande échelle; algorithmes combinatoires; RNN.
IFT 6135 Apprentissage de représentations
Algorithmes d'apprentissage de représentations des données et réseaux de neurones artificiels profonds. Avantages de l'apprentissage profond pour l'intelligence artificielle. Modélisation de la distribution de probabilité des données.
IFT 6269 Modèles graphiques probabilistes et apprentissage
Représentation des systèmes comme des modèles graphiques probabilistes, inférence dans les modèles graphiques, apprentissage des paramètres à partir de données.
IFT 6390 Fondements de l'apprentissage machine
Éléments de base des algorithmes d'apprentissage statistique et symbolique. Exemples d'applications en forage de données, reconnaissance des formes, régression non linéaire, et données temporelles.
Bloc 70E Bio-informatique structurale
Option - Maximum 12 crédits.BCM 6200 Structure des macromolécules biologiques
Détermination de structures macromoléculaires par diffraction des rayons-X et par résonance magnétique nucléaire. Modélisation moléculaire. Remarques: Cours conjoint avec l'Université McGill (Biochem 507-604A). Cours offert aux deux ans.
BIN 6001 Algorithmes en bio-informatique moléculaire
Structure 3D des protéines et ARN. Modèles et optimisation de l'énergie potentielle, moléculaire. Espace et recherche de conformations, modélisation comparative et de novo.
BIN 6003 Architecture des polymères biologiques
Conformation macromoléculaire. Analyse de structures tridimensionnelles.
CHM 6330 Chimie bio-organique
Importance de la chiralité dans la vie. Facteurs responsables de la spécificité enzymatique. Le design de modèles d'enzymes. Le rôle des ions métalliques. Modèles biomoléculaires des coenzymes et importance médicinale des substrats suicide.
Bloc 70F Bio-informatique des systèmes
Option - Maximum 6 crédits.BIM 6064C Approches des systèmes
Module C. Approches des systèmes. Approches des systèmes dans l'analyse de la signalisation cellulaire et la génétique moléculaire.
GBM 6106 Méthodes des systèmes en physiologie
Méthodes d'analyse des systèmes linéaires et non linéaires : rétroaction, fonction de transfert, réponse en fréquence, linéarisation, stabilité. Applications aux principaux systèmes physiologiques. Remarques: Cours donné à l'Université de Montréal. L'étudiant de l'École Polytechnique doit s'inscrire par Autorisation d'études hors établissement (entente CRÉPUQ).
GBM 6118 Imagerie médicale
Modèles de formation d'images établissant les liens physiques entre les caractéristiques des tissus et leur images observées par radiologie, médecine nucléaire, échographie, tomographie axiale, résonance magnétique nucléaire, les problèmes inverses. Remarques: Cours donné à l'Université de Montréal. L'étudiant de l'École Polytechnique doit s'inscrire par Autorisation d'études hors établissement (entente CRÉPUQ).
Bloc 70G Cours complémentaires
Option - Maximum 6 crédits.BCM 6071 Signalisation et cycle cellulaire
Cycle cellulaire chez la levure et les eucaryotes supérieurs. Apoptose et mort cellulaire. Signalisation et cycle cellulaire. Intégration des voies de signalisation. Interactions protéines-protéines dans la signalisation.
BCM 6100 Biologie du développement
Mécanismes moléculaires gouvernant le développement des eucaryotes supérieurs : détermination, établissement des axes embryonnaires, différenciation, contrôle de l'expression des gènes. Aspects moléculaires du développement du système nerveux.
IFT 6150 Traitements d'images
Échantillonnage. Opérations sur les images. Amélioration. Restauration. Compression. Réalisation d'un projet appliqué.
IFT 6255 Recherche d'information
Principe de la recherche d'information. Sélection des documents pertinents. Modèles booléen, vectoriel, probabiliste, logique. Réalisation. Évaluation des performances. Analyses linguistiques, syntaxiques et sémantiques.
IFT 6285 Traitement automatique des langues naturelles
Introduction aux problématiques de base du traitement des langues naturelles (modélisation de la langue, étiquetage de séquences de mots, analyse grammaticale) et à ses applications (traduction automatique, extraction d'information, etc.).
IFT 6370 Informatique théorique
Modèles du calcul. Calculabilité et décidabilité. Complexité. Hiérarchies. Complétudes. Sujets choisis.
IFT 6575 Méthodes de recherche opérationnelle
Programmation linéaire. Programmation en nombres entiers. Programmation non linéaire. Programmation dynamique. Modèles stochastiques. Simulation.
PHY 6940 Biophysique
Propriétés et fonctions des canaux ioniques dans les membranes cellulaires. Remarques: Ce cours s'adresse en particulier aux étudiants en biophysique, biologie, physiologie et génie biomédical.
Bloc 70H
Choix - Maximum 4 crédits.Bloc 70I Recherche et mémoire
Obligatoire - 30 crédits.BIN 6008 Projet de recherche avec mémoire
Segment 71 Propre au cheminement avec Stage
Les crédits du cheminement sont répartis de la façon suivante : 23 crédits de cours obligatoires dont 22 crédits attribués à des stages, de 18 à 22 crédits à option, dont au moins deux cours BIN, et un maximum de 4 crédits de cours au choix.
Bloc 71A
Obligatoire - 1 crédit.BIE 6046 Introduction : éthique de la recherche
Les développements biomédicaux et l'éthique de la recherche; les grands textes régulateurs; l'analyse d'une problématique éthique; l'évaluation éthique d'un protocole de recherche.
Bloc 71B Bio-informatique génomique
Option - Maximum 17 crédits.BCM 6210 Génomique humaine fonctionnelle
Étude du fonctionnement du génome humain. Structure du génome et méthodes d'analyse fonctionnelle, grandes bases de données et outils bioinformatiques. Génomique comparative avec d'autres organismes séquencés. Protéomique et métabolomique.
BIN 6000 Algorithmes en bio-informatique génomique
Comparaison et alignement des séquences biologiques. Structures secondaires des acides ribonucléiques. Recherche de motifs. Assemblage de fragments d'ADN, cartographie physique. Ordre des gènes.
BIN 6002 Principes d'analyse génomique
Identification (gènes protéiques et d'ARNs structuraux introns) par comparaison de séquences et recherche de motifs. Alignements multiples et code génétique. Assemblage et annotation de séquence génomique.
IFT 6299 Sujets en bio-informatique
PGM 6078 Pharmacogénomique
Présenter les différentes approches utilisées dans le diagnostic et le traitement de maladies basé sur l'information génomique, avec comme objectif de développer une pharmacothérapie personnalisée optimale.
Bloc 71C Bio-informatique évolutive
Option - Maximum 7 crédits.BIO 6245 Analyse phylogénétique
Théorie et pratique de la systématique : reconstruction, validation et utilisation de phylogénies en biographie, écologie, conservation, et classification. Cours théoriques et travaux pratiques sur ordinateurs.
MSO 6018 Introduction à l'épidémiologie génétique
Introduction à l'épidémiologie génétique et aux méthodes analytiques s'y reliant, appuyée d'exemples relevés de la littérature scientifique et de travaux pratiques portant sur analyses de liaison et d'association génétique.
Bloc 71D Bio-informatique stat. et apprentissage machine
Option - Maximum 16 crédits.BIO 6077 Analyse quantitative des données
Apprentissage de méthodes d'analyse quantitative de données biologiques, y compris les données spatiales et temporelles. Travaux pratiques; analyse des données de recherche des étudiants. Remarques: Connaissances requises : biostatistique.
IFT 6132 Prédiction structurée avancée et optimisation
Sujets avancées pour la prédiction d'objets structurés (tels: graphes, couplages, réseau de flot). Apprentissage génératif vs discriminatif et modèles à énergie; CRF, SVM structurée, optimisation à grande échelle; algorithmes combinatoires; RNN.
IFT 6135 Apprentissage de représentations
Algorithmes d'apprentissage de représentations des données et réseaux de neurones artificiels profonds. Avantages de l'apprentissage profond pour l'intelligence artificielle. Modélisation de la distribution de probabilité des données.
IFT 6269 Modèles graphiques probabilistes et apprentissage
Représentation des systèmes comme des modèles graphiques probabilistes, inférence dans les modèles graphiques, apprentissage des paramètres à partir de données.
IFT 6390 Fondements de l'apprentissage machine
Éléments de base des algorithmes d'apprentissage statistique et symbolique. Exemples d'applications en forage de données, reconnaissance des formes, régression non linéaire, et données temporelles.
Bloc 71E Bio-informatique structurale
Option - Maximum 13 crédits.BCM 6200 Structure des macromolécules biologiques
Détermination de structures macromoléculaires par diffraction des rayons-X et par résonance magnétique nucléaire. Modélisation moléculaire. Remarques: Cours conjoint avec l'Université McGill (Biochem 507-604A). Cours offert aux deux ans.
BIN 6001 Algorithmes en bio-informatique moléculaire
Structure 3D des protéines et ARN. Modèles et optimisation de l'énergie potentielle, moléculaire. Espace et recherche de conformations, modélisation comparative et de novo.
BIN 6003 Architecture des polymères biologiques
Conformation macromoléculaire. Analyse de structures tridimensionnelles.
CHM 6330 Chimie bio-organique
Importance de la chiralité dans la vie. Facteurs responsables de la spécificité enzymatique. Le design de modèles d'enzymes. Le rôle des ions métalliques. Modèles biomoléculaires des coenzymes et importance médicinale des substrats suicide.
Bloc 71F Bio-informatique des systèmes
Option - Maximum 8 crédits.BIM 6064C Approches des systèmes
Module C. Approches des systèmes. Approches des systèmes dans l'analyse de la signalisation cellulaire et la génétique moléculaire.
GBM 6106 Méthodes des systèmes en physiologie
Méthodes d'analyse des systèmes linéaires et non linéaires : rétroaction, fonction de transfert, réponse en fréquence, linéarisation, stabilité. Applications aux principaux systèmes physiologiques. Remarques: Cours donné à l'Université de Montréal. L'étudiant de l'École Polytechnique doit s'inscrire par Autorisation d'études hors établissement (entente CRÉPUQ).
GBM 6118 Imagerie médicale
Modèles de formation d'images établissant les liens physiques entre les caractéristiques des tissus et leur images observées par radiologie, médecine nucléaire, échographie, tomographie axiale, résonance magnétique nucléaire, les problèmes inverses. Remarques: Cours donné à l'Université de Montréal. L'étudiant de l'École Polytechnique doit s'inscrire par Autorisation d'études hors établissement (entente CRÉPUQ).
Bloc 71G Cours complémentaires
Option - Maximum 14 crédits.BCM 6071 Signalisation et cycle cellulaire
Cycle cellulaire chez la levure et les eucaryotes supérieurs. Apoptose et mort cellulaire. Signalisation et cycle cellulaire. Intégration des voies de signalisation. Interactions protéines-protéines dans la signalisation.
BCM 6100 Biologie du développement
Mécanismes moléculaires gouvernant le développement des eucaryotes supérieurs : détermination, établissement des axes embryonnaires, différenciation, contrôle de l'expression des gènes. Aspects moléculaires du développement du système nerveux.
BIN 60051 Communication scientifique 1.1
Présentation orale et écrite par l'étudiant de son projet de recherche ou de stage : la littérature scientifique pertinente, la problématique et les méthodes envisagées. Participation aux séminaires des autres étudiants.
BIN 60052 Communication scientifique 1.2
Présentation orale et écrite par l'étudiant de son projet de recherche ou de stage : la littérature scientifique pertinente, la problématique et les méthodes envisagées. Participation aux séminaires des autres étudiants.
IFT 6150 Traitements d'images
Échantillonnage. Opérations sur les images. Amélioration. Restauration. Compression. Réalisation d'un projet appliqué.
IFT 6255 Recherche d'information
Principe de la recherche d'information. Sélection des documents pertinents. Modèles booléen, vectoriel, probabiliste, logique. Réalisation. Évaluation des performances. Analyses linguistiques, syntaxiques et sémantiques.
IFT 6285 Traitement automatique des langues naturelles
Introduction aux problématiques de base du traitement des langues naturelles (modélisation de la langue, étiquetage de séquences de mots, analyse grammaticale) et à ses applications (traduction automatique, extraction d'information, etc.).
IFT 6370 Informatique théorique
Modèles du calcul. Calculabilité et décidabilité. Complexité. Hiérarchies. Complétudes. Sujets choisis.
IFT 6575 Méthodes de recherche opérationnelle
Programmation linéaire. Programmation en nombres entiers. Programmation non linéaire. Programmation dynamique. Modèles stochastiques. Simulation.
PHY 6940 Biophysique
Propriétés et fonctions des canaux ioniques dans les membranes cellulaires. Remarques: Ce cours s'adresse en particulier aux étudiants en biophysique, biologie, physiologie et génie biomédical.
Bloc 71H
Choix - Maximum 4 crédits.Bloc 71I Stage
Obligatoire - 22 crédits.BIN 6007 Stages avec rapport
Le stage sera effectué au sein d'une équipe de professionnels oeuvrant dans un laboratoire académique, hospitalier, gouvernemental ou en milieu industriel (ou dans tout autre milieu approuvé par le responsable) Remarques: L'étudiant participera à un projet de recherche où il mettra en application les notions et pratiques enseignées.