Structure du programme

Titre officiel

Doctorat en sciences biologiques (Ph. D.)

Type

Philosophiae Doctor (Ph. D.)

Numéro

3-235-1-0

Description de la structure

Version 08 (H20)

Le doctorat comporte 90 crédits. Il est offert en deux options:

- option Biologie générale (segment 70)

- option Muséologie (segment 71)

Segment 70 - Propre à l'option Biologie générale

Les crédits de l'option sont répartis de la façon suivante : 84 crédits obligatoires attribués à la rédaction d'une thèse, de 3 à 6 crédits à option choisis parmi les cours des blocs 70A, 70B, 70C et un maximum de 3 crédits à option ou au choix parmi les cours des blocs 70D et 70E.

La répartition des crédits varie selon la formation antérieure de l'étudiant.

Bloc 70A Cours de synthèse Option - Maximum 6 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIO 6028 Séminaires en biologie végétale 3.0  
BIO 6034 Dynamique des populations 3.0 Cours de jour
Présentation des processus responsables des variations temporelles de l'abondance des populations et de modèles mathématiques qui permettent de représenter ces variations. Développement de programmes informatiques de dynamique des populations.
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BIO 6035 Modélisation écologique 3.0
Concepts, techniques et méthodes de modélisation écologique en mettant l'emphase sur la simulation des processus spatiaux du « paysage ». Les étudiants vont également développer des compétences techniques en programmation et en modélisation.
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BIO 6036 Modélisation de la qualité des habitats 3.0
Concepts et des méthodes statistiques utilisées pour développer des relations prédictives entre des indicateurs de la qualité des habitats et des conditions environnementales. Applications en gestion et en conservation des habitats.
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BIO 6037 Analyse des réseaux écologiques 3.0 Cours de jour
Analyse de la structure et de la dynamique des communautés et des écosystèmes à travers la théorie des graphes.
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BIO 6106 Biologie cellulaire avancée 3.0 Cours de jour
Biochimie des mitochondries et vieillissement, trafic vésiculaire rétrograde et antérograde, cartographie nucléaire et contrôle de l'expression génique, établissement de la polarité cellulaire et division asymétrique.
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BIO 6115 Progrès en phylogénie systématique 3.0
Traitement et interprétation des données morphologiques et moléculaires en analyse phylogénétique. Applications et utilisations des phylogénies en écologie, biodiversité, conservation, classification et évolution moléculaire.
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BIO 6157 Biochimie et bio moléculaire des plantes 3.0
Vue d'ensemble de la biochimie végétale et de sa régulation aux niveaux métabolique et génétique. Principes biophysiques et biochimiques de la croissance. Développements récents en biologie moléculaire végétale.
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BIO 6204 Génétique des populations 3.0 Cours de jour
La génétique des populations vise à comprendre le rôle des processus affectant la diversité génétique des populations. Ces processus représentent la base de l'évolution et sont primordiaux à l'interprétation évolutive des phénomènes biologiques.
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BIO 6250 Évolution moléculaire 3.0
Mécanismes et principes d'évolution moléculaire. Développements récents en génétique des populations, génomique, protéomique et analyse phylogénétique.
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BIO 6260 Génomique microbienne 3.0
Connaissances pratiques des outils génomiques, métagénomiques et bioinformatiques avec accent sur l'évolution et l'écologie microbienne. TP sur une compréhension des bases conceptuelles des analyses bioinformatiques sans expérience en programmation.
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BIO 6390 Architecture et mode de développement de l'arbre 3.0
Approche globale et dynamique de l'architecture des arbres (séquence de développement, niveaux d'organisation, réponse à l'environnement). Outil de diagnostic et de prise de décision pour inventaires, études d'impact, aménagements, recherches, etc.
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BIO 6432 Stage en développement des invertébrés marins 3.0
Ce cours porte sur 1) la diversité animale des écosystèmes marins; 2) leur organisation morphologique; 3) l’innovation évolutive attribuée aux invertébrés marins; et 4) la réalisation de projets de recherche sur les invertébrés marins. Remarque : Ce stage a lieu au Darling Marine Institute (Maine)
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BIO 6441 Systématique des insectes 3.0 Cours de jour
Les insectes constituent le groupe d'organismes eucaryotes le plus diversifié au monde. Pendant le cours, on discute de leur évolution, leur classification, et les méthodes systématiques afin de les étudier.
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BIO 6720 Écologie du paysage 3.0
Étude des courants historiques en écologie du paysage, visites de terrain et de laboratoire, revue des concepts de base tels que la fragmentation ou l'impact de l'homme, études de cas à partir de la littérature.
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BIO 6790 Parasitisme 3.0 Cours de jour
Évolution et diversité, cycles de vie et développement, adaptations à la vie parasitaire, dynamique des relations hôte-parasite, conséquences sur la santé humaine et animale, la biodiversité et la biologie de la conservation, stratégies de contrôle.
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BIO 6803 Reddition de comptes et environnement 1.0
Responsabilité sociétale des entreprises en lien avec le développement durable comme processus continu et guide du développement socioécomonique. Apprentissage méthodologique de la Global Reporting Initative (GRI) en matière de reddition de comptes.
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BIO 6822 Enjeux en écotoxicologie 3.0 Cours de jour
Étude des problématiques historiques et émergentes en écotoxicologie. Cycles des contaminants dans les environnements naturels et perturbés. Séminaires, projets en équipe, lectures d’articles, présentations magistrales, activités pratiques.
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BIO 6851 Écologie des communautés 3.0
Ce cours explorera les multiples mécanismes qui influencent la biodiversité avec un accent sur la méta-communauté comme cadre unificateur.
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BIO 6866 Théorie des jeux en biologie 3.0
Présentation des méthodes et applications de la théorie des jeux évolutifs. En particulier, il abordera les applications de cette approche à l'étude de la coopération, de la compétition et du parasitisme.
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BIO 6875 Principes de lutte biologique 3.0
La lutte biologique comme alternative privilégiée aux pesticides de synthèse : fondements théoriques et approches méthodologiques, diversité des agents de lutte, législation, études de cas.
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BIO 6965 Biodiversité: rôle, menaces, solutions 3.0 Cours de jour
Importance de la biodiversité pour les services écologiques et les ressources. Changements climatiques, destruction des habitats, invasion d'espèces. Conservation dans un contexte de développement durable.
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BIO 6970 Écologie des milieux humides 3.0 Cours de jour
Types de milieux humides et fonctions écologiques, hydrologie et cycles des éléments, processus physiques et chimiques, interactions trophiques, conservation, restauration et aménagement, gestion et aspects légaux.
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Bloc 70B Cours méthodologiques Option - Maximum 6 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIO 6004 Communication scientifique 3.0 Cours de jour
Ce cours offre une formation en communication pour la science, incluant les présentations par affiche, les présentations orales, les demandes de financement, et la rédaction d'articles.
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BIO 6020 Microscopie 3.0
Théorie et principes de microscopie; techniques de préparation des spécimens.
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BIO 6032 Biologie computationnelle et modélisation 3.0 Cours de jour
Ce cours présente les pratiques modernes de biologie computationnelles appliquées à des problèmes en biologie et écologie.
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BIO 6033 Méthodes quantitatives en biologie 3.0 Cours de jour
Ce cours offre une formation en forage des données et sciences des données pour la gestion, la manipulation, le traitement, et l'analyse des données quantitatives en biologie.
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BIO 6065 École d'été en synthèse écologique de données 4.0 Cours de jour
Cette formation avancée d'une semaine présentera, au travers de projets, les méthodes de forage des données les plus avancées pour travailler sur les données écologiques.
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BIO 6077 Analyse quantitative des données 4.0 Cours de jour
Apprentissage de méthodes d'analyse quantitative de données biologiques, y compris les données spatiales et temporelles. Travaux pratiques; analyse des données de recherche des étudiants. Remarques: Connaissances requises : biostatistique.
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BIO 6245 Analyse phylogénétique 4.0
Théorie et pratique de la systématique : reconstruction, validation et utilisation de phylogénies en biographie, écologie, conservation, et classification. Cours théoriques et travaux pratiques sur ordinateurs.
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Bloc 70C Cours spécialisés Option - Maximum 6 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIO 6008 Sujets spéciaux en biologie 3.0 Cours de jour
Cours confié à des professeurs ou des chercheurs invités pour dispenser une série d'exposés dans un secteur de la biologie qui présente un intérêt particulier pour les étudiants et les professeurs du Département.
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BIO 7009 Lectures dirigées en biologie 3.0
Analyse de textes choisis par l’étudiant, sous la supervision d’un professeur, suivi de la production d’un rapport.
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BIO 7011 Stage de recherche en biologie 3.0
Ce cours est publié sans description Remarque: Stage de recherche effectué dans un laboratoire universitaire (ailleurs qu’à l’Université de Montréal) ou dans l’entreprise privée, suivi de la production d’un rapport.
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Bloc 70D Cours connexes Option - Maximum 3 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIN 6002 Principes d'analyse génomique 3.0 Cours de jour
Identification (gènes protéiques et d'ARNs structuraux introns) par comparaison de séquences et recherche de motifs. Alignements multiples et code génétique. Assemblage et annotation de séquence génomique.
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EDD 6050 Gestion de la biodiversité 3.0 Cours de jour
Modalités de conservation et de gestion de la biodiversité. Analyse d'outils d'intervention à diverses échelles, notamment les conventions internationales. Études de cas.
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ENV 6002 Les impacts environnementaux 3.0 Cours de soir
Instrumentation nécessaire sur le plan technique pour effectuer une étude d'impact environnemental. Notions de base en socioéconomie, en écologie humaine, végétale et animale seront appliquées selon les méthodologies d'étude d'impact.
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MSL 6515 Collections de sciences naturelles 3.0 Cours de jour
Objectif, méthodes de constitution et de conservation de collections d'animaux, de végétaux, de minéraux à des fins d'exposition et de recherche. Études de cas dans des institutions universitaires et muséales. (UdeM)
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NSC 6060 Neurophysiologie cellulaire 3.0 Cours de jour
Morphologie, physiologie et chimie biologique des éléments nerveux et développement du système nerveux.
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NSC 6070 Neurophysiologie fonctionnelle 3.0 Cours de jour
Présentation de données de base sur l'organisation et le fonctionnement des systèmes sensitif, moteur, sensoriels spécialisés, autonome; notions récentes sur le substratum biologique des fonctions mentales supérieures.
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TXL 6014 Toxicologie de l'environnement 3.0 Cours de soir
Principes généraux de la toxicologie de l'environnement. Les effets toxiques de l'activité humaine sur la faune et la flore. Équilibre des écosystèmes. Réglementation pertinente au domaine.
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Bloc 70E Choix - Maximum 3 crédits.

Cours choisis avec l'approbation du responsable de programme.

Bloc 70F Recherche et thèse Obligatoire - 84 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIO 7000 Examen général de doctorat 0.0
Ce cours est publié sans description.
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BIO 7001 Thèse 84.0
Ce cours est publié sans description.
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Segment 71 - Propre à l'option Muséologie

Les crédits de l'option sont répartis de la façon suivante : 84 crédits obligatoires dont 81 crédits attribués à la rédaction d'une thèse, de 3 à 6 crédits à option et un maximum de 3 crédits au choix.

La répartition des crédits varie selon la formation antérieure de l'étudiant.

Bloc 71A Muséologie Obligatoire - 3 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
PLU 7000 Séminaire intégrateur en muséologie 3.0
Séminaire interdisciplinaire en muséologie visant à intégrer les questionnements de divers domaines d'études et d'horizons théoriques aux problématiques muséales et aux enjeux actuels de la muséologie. Remarque : Séminaire intensif donné sous forme d'École doctorale internationale d'été.
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Bloc 71B Cours de synthèse Option - Maximum 6 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIO 6028 Séminaires en biologie végétale 3.0  
BIO 6034 Dynamique des populations 3.0 Cours de jour
Présentation des processus responsables des variations temporelles de l'abondance des populations et de modèles mathématiques qui permettent de représenter ces variations. Développement de programmes informatiques de dynamique des populations.
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BIO 6035 Modélisation écologique 3.0
Concepts, techniques et méthodes de modélisation écologique en mettant l'emphase sur la simulation des processus spatiaux du « paysage ». Les étudiants vont également développer des compétences techniques en programmation et en modélisation.
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BIO 6036 Modélisation de la qualité des habitats 3.0
Concepts et des méthodes statistiques utilisées pour développer des relations prédictives entre des indicateurs de la qualité des habitats et des conditions environnementales. Applications en gestion et en conservation des habitats.
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BIO 6037 Analyse des réseaux écologiques 3.0 Cours de jour
Analyse de la structure et de la dynamique des communautés et des écosystèmes à travers la théorie des graphes.
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BIO 6106 Biologie cellulaire avancée 3.0 Cours de jour
Biochimie des mitochondries et vieillissement, trafic vésiculaire rétrograde et antérograde, cartographie nucléaire et contrôle de l'expression génique, établissement de la polarité cellulaire et division asymétrique.
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BIO 6115 Progrès en phylogénie systématique 3.0
Traitement et interprétation des données morphologiques et moléculaires en analyse phylogénétique. Applications et utilisations des phylogénies en écologie, biodiversité, conservation, classification et évolution moléculaire.
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BIO 6157 Biochimie et bio moléculaire des plantes 3.0
Vue d'ensemble de la biochimie végétale et de sa régulation aux niveaux métabolique et génétique. Principes biophysiques et biochimiques de la croissance. Développements récents en biologie moléculaire végétale.
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BIO 6204 Génétique des populations 3.0 Cours de jour
La génétique des populations vise à comprendre le rôle des processus affectant la diversité génétique des populations. Ces processus représentent la base de l'évolution et sont primordiaux à l'interprétation évolutive des phénomènes biologiques.
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BIO 6250 Évolution moléculaire 3.0
Mécanismes et principes d'évolution moléculaire. Développements récents en génétique des populations, génomique, protéomique et analyse phylogénétique.
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BIO 6260 Génomique microbienne 3.0
Connaissances pratiques des outils génomiques, métagénomiques et bioinformatiques avec accent sur l'évolution et l'écologie microbienne. TP sur une compréhension des bases conceptuelles des analyses bioinformatiques sans expérience en programmation.
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BIO 6390 Architecture et mode de développement de l'arbre 3.0
Approche globale et dynamique de l'architecture des arbres (séquence de développement, niveaux d'organisation, réponse à l'environnement). Outil de diagnostic et de prise de décision pour inventaires, études d'impact, aménagements, recherches, etc.
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BIO 6441 Systématique des insectes 3.0 Cours de jour
Les insectes constituent le groupe d'organismes eucaryotes le plus diversifié au monde. Pendant le cours, on discute de leur évolution, leur classification, et les méthodes systématiques afin de les étudier.
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BIO 6720 Écologie du paysage 3.0
Étude des courants historiques en écologie du paysage, visites de terrain et de laboratoire, revue des concepts de base tels que la fragmentation ou l'impact de l'homme, études de cas à partir de la littérature.
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BIO 6790 Parasitisme 3.0 Cours de jour
Évolution et diversité, cycles de vie et développement, adaptations à la vie parasitaire, dynamique des relations hôte-parasite, conséquences sur la santé humaine et animale, la biodiversité et la biologie de la conservation, stratégies de contrôle.
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BIO 6803 Reddition de comptes et environnement 1.0
Responsabilité sociétale des entreprises en lien avec le développement durable comme processus continu et guide du développement socioécomonique. Apprentissage méthodologique de la Global Reporting Initative (GRI) en matière de reddition de comptes.
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BIO 6822 Enjeux en écotoxicologie 3.0 Cours de jour
Étude des problématiques historiques et émergentes en écotoxicologie. Cycles des contaminants dans les environnements naturels et perturbés. Séminaires, projets en équipe, lectures d’articles, présentations magistrales, activités pratiques.
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BIO 6851 Écologie des communautés 3.0
Ce cours explorera les multiples mécanismes qui influencent la biodiversité avec un accent sur la méta-communauté comme cadre unificateur.
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BIO 6866 Théorie des jeux en biologie 3.0
Présentation des méthodes et applications de la théorie des jeux évolutifs. En particulier, il abordera les applications de cette approche à l'étude de la coopération, de la compétition et du parasitisme.
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BIO 6875 Principes de lutte biologique 3.0
La lutte biologique comme alternative privilégiée aux pesticides de synthèse : fondements théoriques et approches méthodologiques, diversité des agents de lutte, législation, études de cas.
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BIO 6965 Biodiversité: rôle, menaces, solutions 3.0 Cours de jour
Importance de la biodiversité pour les services écologiques et les ressources. Changements climatiques, destruction des habitats, invasion d'espèces. Conservation dans un contexte de développement durable.
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BIO 6970 Écologie des milieux humides 3.0 Cours de jour
Types de milieux humides et fonctions écologiques, hydrologie et cycles des éléments, processus physiques et chimiques, interactions trophiques, conservation, restauration et aménagement, gestion et aspects légaux.
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Bloc 71C Cours méthodologiques Option - Maximum 6 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIO 6004 Communication scientifique 3.0 Cours de jour
Ce cours offre une formation en communication pour la science, incluant les présentations par affiche, les présentations orales, les demandes de financement, et la rédaction d'articles.
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BIO 6020 Microscopie 3.0
Théorie et principes de microscopie; techniques de préparation des spécimens.
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BIO 6032 Biologie computationnelle et modélisation 3.0 Cours de jour
Ce cours présente les pratiques modernes de biologie computationnelles appliquées à des problèmes en biologie et écologie.
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BIO 6033 Méthodes quantitatives en biologie 3.0 Cours de jour
Ce cours offre une formation en forage des données et sciences des données pour la gestion, la manipulation, le traitement, et l'analyse des données quantitatives en biologie.
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BIO 6065 École d'été en synthèse écologique de données 4.0 Cours de jour
Cette formation avancée d'une semaine présentera, au travers de projets, les méthodes de forage des données les plus avancées pour travailler sur les données écologiques.
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BIO 6077 Analyse quantitative des données 4.0 Cours de jour
Apprentissage de méthodes d'analyse quantitative de données biologiques, y compris les données spatiales et temporelles. Travaux pratiques; analyse des données de recherche des étudiants. Remarques: Connaissances requises : biostatistique.
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BIO 6245 Analyse phylogénétique 4.0
Théorie et pratique de la systématique : reconstruction, validation et utilisation de phylogénies en biographie, écologie, conservation, et classification. Cours théoriques et travaux pratiques sur ordinateurs.
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Bloc 71D Cours spécialisés Option - Maximum 6 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIO 6008 Sujets spéciaux en biologie 3.0 Cours de jour
Cours confié à des professeurs ou des chercheurs invités pour dispenser une série d'exposés dans un secteur de la biologie qui présente un intérêt particulier pour les étudiants et les professeurs du Département.
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BIO 7009 Lectures dirigées en biologie 3.0
Analyse de textes choisis par l’étudiant, sous la supervision d’un professeur, suivi de la production d’un rapport.
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BIO 7011 Stage de recherche en biologie 3.0
Ce cours est publié sans description Remarque: Stage de recherche effectué dans un laboratoire universitaire (ailleurs qu’à l’Université de Montréal) ou dans l’entreprise privée, suivi de la production d’un rapport.
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Bloc 71E Choix - Maximum 3 crédits.

Cours choisis avec l'approbation du responsable de programme.

Bloc 71F Recherche et thèse Obligatoire - 81 crédits.

Cours Titre Crédits Période  
BIO 7000 Examen général de doctorat 0.0
Ce cours est publié sans description.
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BIO 7003 Thèse 81.0
Ce cours est publié sans description. 
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Date de la dernière modification: 11 juillet 2020

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