Doctorat en sciences biologiques

Structure du programme

Présentation des processus responsables des variations temporelles de l'abondance des populations et de modèles mathématiques qui permettent de représenter ces variations. Développement de programmes informatiques de dynamique des populations.

Concepts, techniques et méthodes de modélisation écologique en mettant l'emphase sur la simulation des processus spatiaux du « paysage ». Les étudiants vont également développer des compétences techniques en programmation et en modélisation.

Concepts et des méthodes statistiques utilisées pour développer des relations prédictives entre des indicateurs de la qualité des habitats et des conditions environnementales. Applications en gestion et en conservation des habitats.

Description des communautés écologiques et des interactions entre espèces par la théorie des réseaux. Thèmes abordés: propriétés émergentes des écosystèmes; dynamique spatiale et évolutive de communautés; services écosystémiques; maladies émergentes. Remarque : au premier cycle, vous devez vous inscrire au cours BIO 3043.

Biochimie des mitochondries et vieillissement, trafic vésiculaire rétrograde et antérograde, cartographie nucléaire et contrôle de l'expression génique, établissement de la polarité cellulaire et division asymétrique.

Traitement et interprétation des données morphologiques et moléculaires en analyse phylogénétique. Applications et utilisations des phylogénies en écologie, biodiversité, conservation, classification et évolution moléculaire.

Vue d'ensemble de la biochimie végétale et de sa régulation aux niveaux métabolique et génétique. Principes biophysiques et biochimiques de la croissance. Développements récents en biologie moléculaire végétale.

La génétique des populations vise à comprendre le rôle des processus affectant la diversité génétique des populations. Ces processus représentent la base de l'évolution et sont primordiaux à l'interprétation évolutive des phénomènes biologiques.

Les modes de spéciation et les mécanismes évolutifs et adaptatifs propres aux plantes. L’importance de la polyploïdie et de l’hybridation dans l’évolution des végétaux. Remarque : au premier cycle, vous devez vous inscrire au cours BIO 3205.

Intégration des concepts d’écologie et d’évolution pour comprendre les fondements de la diversité, du fonctionnement et de la répartition du vivant. Remarque : au premier cycle, vous devez vous inscrire au cours BIO3206.

Mécanismes et principes d'évolution moléculaire. Développements récents en génétique des populations, génomique, protéomique et analyse phylogénétique.

Connaissances pratiques des outils génomiques, métagénomiques et bioinformatiques avec accent sur l'évolution et l'écologie microbienne. TP sur une compréhension des bases conceptuelles des analyses bioinformatiques sans expérience en programmation.

Approche globale et dynamique de l'architecture des arbres (séquence de développement, niveaux d'organisation, réponse à l'environnement). Outil de diagnostic et de prise de décision pour inventaires, études d'impact, aménagements, recherches, etc.

Ce cours porte sur 1) la diversité animale des écosystèmes marins; 2) leur organisation morphologique; 3) l’innovation évolutive attribuée aux invertébrés marins; et 4) la réalisation de projets de recherche sur les invertébrés marins. Remarque : Ce stage a lieu au Darling Marine Institute (Maine)

Les insectes constituent le groupe d'organismes eucaryotes le plus diversifié au monde. Pendant le cours, on discute de leur évolution, leur classification, et les méthodes systématiques afin de les étudier.

Cours terrain de télédétection de la végétation par drone. Manipulation de drones. Planification de mission de vol. Photogrammétrie. Modèles de hauteur de canopée. Analyse d’images pour la cartographie d’espèces végétales. Remarque : au premier cycle, vous devez suivre le cours BIO3756.

Évolution et diversité, cycles de vie et développement, adaptations à la vie parasitaire, dynamique des relations hôte-parasite, conséquences sur la santé humaine et animale, la biodiversité et la biologie de la conservation, stratégies de contrôle.

Étude des problématiques historiques et émergentes en écotoxicologie. Cycles des contaminants dans les environnements naturels et perturbés. Séminaires, projets en équipe, lectures d’articles, présentations magistrales, activités pratiques.

Ce cours explorera les multiples mécanismes qui influencent la biodiversité avec un accent sur la méta-communauté comme cadre unificateur.

Présentation des méthodes et applications de la théorie des jeux évolutifs. En particulier, il abordera les applications de cette approche à l'étude de la coopération, de la compétition et du parasitisme.

La gestion intégrée des populations d’insectes et d’autres arthropodes nuisibles aux plantes, animaux, humains, denrées, et structures. Travaux pratiques en milieu de travail ou de recherche met en valeur les connaissances acquises. Remarque : au premier cycle, vous devez vous inscrire au cours BIO3872.

La lutte biologique comme alternative privilégiée aux pesticides de synthèse : fondements théoriques et approches méthodologiques, diversité des agents de lutte, législation, études de cas.

Importance de la biodiversité pour les services écologiques et les ressources. Changements climatiques, destruction des habitats, invasion d'espèces. Conservation dans un contexte de développement durable.

Types de milieux humides et fonctions écologiques, hydrologie et cycles des éléments, processus physiques et chimiques, interactions trophiques, conservation, restauration et aménagement, gestion et aspects légaux.

Ce cours offre une formation en communication pour la science, incluant les présentations par affiche, les présentations orales, les demandes de financement, et la rédaction d'articles.

Théorie et principes de microscopie; techniques de préparation des spécimens.

Ce cours présente les pratiques modernes de biologie computationnelles appliquées à des problèmes en biologie et écologie. Cours équivalents :BIO6032/BIO60321.

Ce cours présente les pratiques modernes de biologie computationnelles appliquées à des problèmes en biologie et écologie.

Introduction aux concepts de science des données appliquée à la biodiversité; gestion et nettoyage des données d'occurrence et de télédétection, classification et régression, modèles de distribution d'espèces, changements climatiques et projection. Remarque : au premier cycle, vous devez vous inscrire au cours BIO 3033.

Apprentissage de la programmation de base en langage R, y compris l'importation de tableaux de données, la manipulation des données et les représentations graphiques de base.

Cette formation avancée d'une semaine présentera, au travers de projets, les méthodes de forage des données les plus avancées pour travailler sur les données écologiques.

Apprentissage de méthodes d'analyse quantitative de données biologiques, y compris les données spatiales et temporelles. Travaux pratiques; analyse des données de recherche des étudiants. Remarques: Connaissances requises : biostatistique.

Théorie et pratique de la systématique : reconstruction, validation et utilisation de phylogénies en biographie, écologie, conservation, et classification. Cours théoriques et travaux pratiques sur ordinateurs.

Cours confié à des professeurs ou des chercheurs invités pour dispenser une série d'exposés dans un secteur de la biologie qui présente un intérêt particulier pour les étudiants et les professeurs du Département.

Analyse de textes choisis par l’étudiant, sous la supervision d’un professeur, suivi de la production d’un rapport.

Ce cours est publié sans description Remarque: Stage de recherche effectué dans un laboratoire universitaire (ailleurs qu’à l’Université de Montréal) ou dans l’entreprise privée, suivi de la production d’un rapport.

Identification (gènes protéiques et d'ARNs structuraux introns) par comparaison de séquences et recherche de motifs. Alignements multiples et code génétique. Assemblage et annotation de séquence génomique.

Modalités de conservation et de gestion de la biodiversité. Analyse d'outils d'intervention à diverses échelles, notamment les conventions internationales. Études de cas.

Instrumentation nécessaire sur le plan technique pour effectuer une étude d'impact environnemental. Notions de base en socioéconomie, en écologie humaine, végétale et animale seront appliquées selon les méthodologies d'étude d'impact.

Objectif, méthodes de constitution et de conservation de collections d'animaux, de végétaux, de minéraux à des fins d'exposition et de recherche. Études de cas dans des institutions universitaires et muséales. (UdeM)

Morphologie, physiologie et chimie biologique des éléments nerveux et développement du système nerveux.

Présentation de données de base sur l'organisation et le fonctionnement des systèmes sensitif, moteur, sensoriels spécialisés, autonome; notions récentes sur le substratum biologique des fonctions mentales supérieures.

Principes généraux de la toxicologie de l'environnement. Les effets toxiques de l'activité humaine sur la faune et la flore. Équilibre des écosystèmes. Réglementation pertinente au domaine.

Ce cours est publié sans description.

Ce cours est publié sans description.

Séminaire interdisciplinaire en muséologie visant à intégrer les questionnements de divers domaines d'études et d'horizons théoriques aux problématiques muséales et aux enjeux actuels de la muséologie. Remarque : Séminaire intensif donné sous forme d'École doctorale internationale d'été.

Présentation des processus responsables des variations temporelles de l'abondance des populations et de modèles mathématiques qui permettent de représenter ces variations. Développement de programmes informatiques de dynamique des populations.

Concepts, techniques et méthodes de modélisation écologique en mettant l'emphase sur la simulation des processus spatiaux du « paysage ». Les étudiants vont également développer des compétences techniques en programmation et en modélisation.

Concepts et des méthodes statistiques utilisées pour développer des relations prédictives entre des indicateurs de la qualité des habitats et des conditions environnementales. Applications en gestion et en conservation des habitats.

Description des communautés écologiques et des interactions entre espèces par la théorie des réseaux. Thèmes abordés: propriétés émergentes des écosystèmes; dynamique spatiale et évolutive de communautés; services écosystémiques; maladies émergentes. Remarque : au premier cycle, vous devez vous inscrire au cours BIO 3043.

Biochimie des mitochondries et vieillissement, trafic vésiculaire rétrograde et antérograde, cartographie nucléaire et contrôle de l'expression génique, établissement de la polarité cellulaire et division asymétrique.

Traitement et interprétation des données morphologiques et moléculaires en analyse phylogénétique. Applications et utilisations des phylogénies en écologie, biodiversité, conservation, classification et évolution moléculaire.

Vue d'ensemble de la biochimie végétale et de sa régulation aux niveaux métabolique et génétique. Principes biophysiques et biochimiques de la croissance. Développements récents en biologie moléculaire végétale.

La génétique des populations vise à comprendre le rôle des processus affectant la diversité génétique des populations. Ces processus représentent la base de l'évolution et sont primordiaux à l'interprétation évolutive des phénomènes biologiques.

Mécanismes et principes d'évolution moléculaire. Développements récents en génétique des populations, génomique, protéomique et analyse phylogénétique.

Connaissances pratiques des outils génomiques, métagénomiques et bioinformatiques avec accent sur l'évolution et l'écologie microbienne. TP sur une compréhension des bases conceptuelles des analyses bioinformatiques sans expérience en programmation.

Approche globale et dynamique de l'architecture des arbres (séquence de développement, niveaux d'organisation, réponse à l'environnement). Outil de diagnostic et de prise de décision pour inventaires, études d'impact, aménagements, recherches, etc.

Les insectes constituent le groupe d'organismes eucaryotes le plus diversifié au monde. Pendant le cours, on discute de leur évolution, leur classification, et les méthodes systématiques afin de les étudier.

Évolution et diversité, cycles de vie et développement, adaptations à la vie parasitaire, dynamique des relations hôte-parasite, conséquences sur la santé humaine et animale, la biodiversité et la biologie de la conservation, stratégies de contrôle.

Étude des problématiques historiques et émergentes en écotoxicologie. Cycles des contaminants dans les environnements naturels et perturbés. Séminaires, projets en équipe, lectures d’articles, présentations magistrales, activités pratiques.

Ce cours explorera les multiples mécanismes qui influencent la biodiversité avec un accent sur la méta-communauté comme cadre unificateur.

Présentation des méthodes et applications de la théorie des jeux évolutifs. En particulier, il abordera les applications de cette approche à l'étude de la coopération, de la compétition et du parasitisme.

La lutte biologique comme alternative privilégiée aux pesticides de synthèse : fondements théoriques et approches méthodologiques, diversité des agents de lutte, législation, études de cas.

Importance de la biodiversité pour les services écologiques et les ressources. Changements climatiques, destruction des habitats, invasion d'espèces. Conservation dans un contexte de développement durable.

Types de milieux humides et fonctions écologiques, hydrologie et cycles des éléments, processus physiques et chimiques, interactions trophiques, conservation, restauration et aménagement, gestion et aspects légaux.

Ce cours offre une formation en communication pour la science, incluant les présentations par affiche, les présentations orales, les demandes de financement, et la rédaction d'articles.

Théorie et principes de microscopie; techniques de préparation des spécimens.

Ce cours présente les pratiques modernes de biologie computationnelles appliquées à des problèmes en biologie et écologie. Cours équivalents :BIO6032/BIO60321.

Ce cours présente les pratiques modernes de biologie computationnelles appliquées à des problèmes en biologie et écologie.

Introduction aux concepts de science des données appliquée à la biodiversité; gestion et nettoyage des données d'occurrence et de télédétection, classification et régression, modèles de distribution d'espèces, changements climatiques et projection. Remarque : au premier cycle, vous devez vous inscrire au cours BIO 3033.

Apprentissage de la programmation de base en langage R, y compris l'importation de tableaux de données, la manipulation des données et les représentations graphiques de base.

Cette formation avancée d'une semaine présentera, au travers de projets, les méthodes de forage des données les plus avancées pour travailler sur les données écologiques.

Apprentissage de méthodes d'analyse quantitative de données biologiques, y compris les données spatiales et temporelles. Travaux pratiques; analyse des données de recherche des étudiants. Remarques: Connaissances requises : biostatistique.

Théorie et pratique de la systématique : reconstruction, validation et utilisation de phylogénies en biographie, écologie, conservation, et classification. Cours théoriques et travaux pratiques sur ordinateurs.

Cours confié à des professeurs ou des chercheurs invités pour dispenser une série d'exposés dans un secteur de la biologie qui présente un intérêt particulier pour les étudiants et les professeurs du Département.

Analyse de textes choisis par l’étudiant, sous la supervision d’un professeur, suivi de la production d’un rapport.

Ce cours est publié sans description Remarque: Stage de recherche effectué dans un laboratoire universitaire (ailleurs qu’à l’Université de Montréal) ou dans l’entreprise privée, suivi de la production d’un rapport.

Ce cours est publié sans description.

Ce cours est publié sans description.